L’archipel ayant subi les glaciations, la faune mammalienne terrestre indigène est quasi-nulle. Les principaux mammifères : Cerf de Virginie, Lièvre variable, Lièvre arctique ont été introduit à des fins cynégétiques. Seul le Renard roux est d’origine incertaine, on peut penser qu’il ait pu traverser de l’île voisine de Terre–Neuve sur les glaces, quoique ces conditions soient tout à fait exceptionnelles. Quant au Campagnol de Pennsylvanie il n’existe qu’à St–Pierre et sur le Grand Colombier. Il a probablement été introduit sur l’archipel avec l’importation de fourrage.
La faune marine est nettement plus riche. le Phoque commun est présent toute l’année, notamment dans la lagune du Grand Barachois, le Phoque gris est présent dans la lagune et autour des îles du printemps à l’automne. D’autres espèces sont plus rares et occasionnelles : Phoque à capuchon et du Groenland. Les baleines font parfois des passages remarqués : Baleines à bosses, Rorqual commun, petit Rorqual, Orque ; ainsi que les Dauphins : à bec blanc, à flancs blancs, commun etc…
A noter également, toujours à cause des glaciations, que les poissons d’eau douce sont totalement absents. Toutes nos espèces, vont à la mer à un moment de leur cycle de vie, soit comme Anadromes (reproduction en eau douce): Omble de Fontaine, Éperlan, Épinoches, Saumon, soit Catadromes (Reproduction en eau salée : Anguille américaine. Par conséquent la re-colonisation des îles par ces espèces s’est faite par la mer dès que les conditions sont redevenues favorables. Depuis, certaines populations sont isolées de la mer.